ImageJ脚本编写笔记

　　试图偷懒ing。

打开编辑器

点击File-New-Script。
按字母“l”，输入script，选择script。

查找Macro记录

　　点击Plugins-Macro-Record，然后操作，以获取相关操作Macro代码。

荧光图片合并

　　主要目的是将红/绿荧光图片合并，代码如下：

macro "Merge_Channel" {
	path = getDirectory("Choose a Directory to process");
	list = getFileList(path);
	for (i = 0; i < list.length; i++) {
		greenIndex = endsWith(list[i], "2.jpg"); // Green
		if (greenIndex == 1) {
			open(list[i]); // open green
			greenImg = getTitle();
			open(list[i+1]); // open red
			redImg = getTitle();
			merge_Channel(greenImg,redImg);
		}
	}

	function merge_Channel(green,red) { 
		run("Merge Channels...", "c1="+red+" c2="+green+" create");
		selectWindow("Composite");
		run("Stack to RGB");
		mergeImg = substring(green, 0, green.length-5);
		saveAs("Tiff", path+mergeImg+"4");
		close();
		selectWindow("Composite");
		close();
	}
}